+提示: 剧情简介-第一次新吉恩战争(哈曼反乱)结束后,宇宙世纪0089下半年间,联邦对太空殖民地加强了经济等方面的制裁,但此类措施的实行,亦只会引起宇宙移民对立情绪急剧上涨、各路反联邦势力纷纷崛起而已。宇宙世纪0090年2月,联邦为收容难民建起殖民卫星——“甘泉”;但此时在无人知晓的情况下,于哈曼死后重掌新吉恩指挥权一度销声匿迹的夏亚‧阿兹纳布已秘密潜入并藏身其中。3月,联邦军为维持军事上的威慑力,建立外围独立精锐部队郎德‧贝尔,由实战经验老道的布莱德‧诺亚上校担任指挥官,队中更有以“一年战争”时期著名的王牌MS驾驶员阿姆罗‧雷上尉为核心的众多精英作为成员。宇宙世纪0092年12月,夏亚‧阿兹纳布在接受电视采访时发表了向地球联邦政府的宣战布告,第二次新吉恩战争(亦称阿克西斯战争或夏亚之乱)由此正式爆发。
然而,正当阿姆罗‧雷等人与新吉恩军进行着殊死战斗时,一些联邦上层人物却盲目相信和平的可能性,加上收受贿赂,而准备前往SIDE6,与新吉恩方面进行秘密接触。天真活泼的少女珂丝‧帕拉雅,出身于联邦高官家族,生活条件优越但却并不幸福,从小得不到足够的父爱,与继母关系更是恶劣至极,因此造就了她叛逆的性格。0093年3月4日珂丝随父亲从地球前往太空,在飞船上结识了布莱德之子哈萨维‧诺亚,当一行人到达SIDE6时,正遇上阿姆罗与其女友珍一起从月面取回最新的阿姆罗专用MS——RX-93 ν高达。ν高达由阿姆罗主导设计,结合新吉恩故意泄漏的Psycho Frame(精神感应骨架)技术,能够最大限度发挥出他的NewType能力,加上装备了最新的NT脑波诱导浮游炮,终于拥有与夏亚的最新座机MSN-04沙扎比相抗衡的实力。当阿姆罗正为得到新机体而欣喜,珂丝与哈萨维亦为学习驾驶MS成绩出色而兴高采烈时,他们并不知道,夏亚正在同一个卫星上与联邦上层进行着秘密会谈。很不幸,正所谓冤家路窄,6日在休息时段外出骑马散步的夏亚,与带着珂丝与哈萨维驾车兜风的阿姆罗撞个正着。两人大打出手,阿姆罗甚至拔枪欲向夏亚射击,然而谁也没想到就在此时珂丝竟突然夺去阿姆罗的枪械,并与夏亚一起由新吉恩军的强化人邱尼驾机接走。性格叛逆的珂丝竟会接受夏亚的思想而投向吉恩,这一事实令哈萨维大受打击,他暗下决心,要说服珂丝离开敌人的阵营。与此同时,联邦与新吉恩的会谈达成了协议:新吉恩将于3月12日解除武装,向联邦投降。
联邦官员们为此洋洋得意,他们做梦也没有想到,这只不过是夏亚进攻地球计划中的一环。经历多年动荡生涯的夏亚,对地球联邦政府已彻底不报希望。因此,这次复出的目的,便是将无视众多宇宙移民生命和权益的地球联邦政府,以及全部地球居民彻底消灭!而且,其手段之激烈程度,在人类史上也是空前的,在他的计划中,攻击的方式不再是像以往那样落下殖民卫星,而要把小行星阿克西斯推向地球,从而引起巨大的气候异变,使另一个冰河期降临在地球上,基本灭绝地面的住民,以此达到净化人类的目的。
0093年3月12日,夏亚以降伏的姿态令联邦军放松警戒,乘机突然袭击夺回了阿克西斯。随后,开始将阿克西斯推向地球。幸而,以布莱德、阿姆罗为首的朗德‧贝尔早有准备,舰队旗舰拉‧凯拉姆号上的精锐纷纷出动,与新吉恩军展开了一场恶战。偷偷驾驶MS出击的哈萨维,在战场上来到了驾着大型MA——α‧瓦索隆的珂丝身旁,欲劝说她回心转意,然而珂丝完全不为所动。正在这时,驾机与珂丝作战的珍,用飞弹直接击中了珂丝所乘MA的座舱,因震惊、伤心、愤怒而失去理性的哈萨维,转身向珍的座机连续开火,令珍葬身于他的枪口之下……此时的朗德‧贝尔舰队,在布莱德的指挥下成功潜入阿克西斯,试图将其爆破碎片化,然而爆破使阿克西斯分为两个大型部分——被炸成两半的阿克西斯,前一半脱离了地球轨道,而后半部分由于爆炸减速,则继续向地球坠落下去。另一方面,在阿克西斯坠向地球时,阿姆罗与夏亚这对宿敌间的决斗业已分出了胜负,夏亚的座机沙扎比虽然已被阿姆罗击破并捕获了脱出舱,但他仍然发出了得意的狂笑:“你赢不了我的,阿姆罗!阿克西斯的坠落早已无法阻止了!”
值此千钧一发之际,阿姆罗奋不顾身地驾驶着ν高达来到阿克西斯最前端,欲以强大的喷射引擎动力将小行星推向与地球相反的方向。看到他的行动,联邦军的战友、甚至新吉恩军的士兵们都纷纷驾MS前来相助,想要挽救这场人类史上的大惨剧。可是,阿克西斯依然一点点向着地球移动。在大家都已绝望而放弃努力的时候,惊人的奇迹发生了,夏亚与阿姆罗精神共鸣以及所有善良的人们的精神力,化作了巨大的能量场,像一道光环围绕着地球,地面上所有的人都观赏到了这一奇景,那是比极光更加美丽的人类的心灵之光,而且,在这光的作用下,阿克西斯缓缓脱离了地球的轨道,向着宇宙的深处漂去……可阿姆罗和夏亚就此失踪……(依照官网说法是在阿克西斯战役时,夏亚和阿姆罗在“阿克西斯的虹光”中与牛高达同化,实际上就是同归于尽)
之后的宇宙世纪作品,如高达F91以及高达V虽继续沿用宇宙世纪年号,但剧情已经与0079/Z/ZZ/逆袭等四部作完全无关。又因为,机动战士系列主要两大角色同归于尽;故绝大部份宇宙世纪爱好者将本作视为宇宙世纪高达正史的终结。在本作品之后的高达0083,08MS小队,高达独角兽等视为补全原作之故事。